«Школа монстров: Монстрические мутации» — забавные, а порой и опасные шалости учеников школы монстров давно уже стали привычным делом. Но то, что произошло в этот раз, привело в трепет даже опытных педагогов. Начиналось все вполне безобидно. Компания подружек решила обследовать старую лабораторию физики. Здесь подростки обнаружили необычный предмет, похожий на самую настоящую машину времени. Любознательной Фрэнки Штейн пришла в голову идея, попробовать запустить механизм и с его помощью отправиться в прошлое, желательно в тот период, когда родная школа только открылась, а учителя были совсем молодыми.
Юной изобретательнице удалось осуществить задуманное, и телепортация началась. Неожиданно устройство забастовало и перестало отвечать на команды. И тут произошло невероятное! Восемь девчонок, участвовавших в рискованном мероприятии, слились в пары, превратившись в четырех вполне симпатичных монстров. Дракулаура стала одним целым с Робеккой, Клео с Торалей, Клодин с Венерой, а Лагуна с Дженифер.
Оказавшись в прошлом, подруги узнают, что их школе грозит разрушение. Чтобы предотвратить беду, нужно как можно скорее вернуться обратно. Но как это сделать, если машина времени сломана? Еще и Фрэнки попала в западню, откуда без посторонней помощи ей не выбраться. На выручку приходят новые персонажи.
Героиням мультфильма предстоит познакомиться с призраком-русалкой Сиреной Фон Бу, поедательницей одежды Бонитой, девушкой-пегасом Авеа Троттер и еще несколькими загадочными существами. Вместе они смогут преодолеть все трудности и постараются исправить последствия неудачного эксперимента.